A primeira fase será disputada por 12 clubes em pontos corridos com dois turnos. Os quatro melhores colocados se classifcam para a fase semi-final.

A semi-final será disputada pelos quatros times com as melhores campanhas na primeira fase. O lider da primeira fase enfreta o quarto colocado, assim, o segundo colocado pega o terceiro. Os quatro times serão dividos em dois grupos, também em jogos de ida e volta. Leva vantagem em caso de empate nos jogos de "180 minutos", desta fase, os times com a as melhores campanhas na fase classificatória (1º e 2º colocado).

A Final terá a participação das 02 (duas) Associações classificadas da Fase II - Semifinal, as quais comporão o Grupo 04, e que se enfrentarão no sistema de ida e volta, dentro do respectivo grupo, sagrando-se campeã, a Associação primeira colocada deste grupo, e vice-campeã, portanto, a Associação segunda colocada deste grupo.

O campeão conquista o acesso a Série D do Campeonato Brasileiro de 2013. Em pararelo a final, o clubes eliminados na semi-final, disputam a 3ª e a 4ª colocação, para definir os classificados para a Série D do Nacional, caso o time campeão já disputa a Série A, B ou C. è garanti da também, a classificação a Copa Noroeste de 2013, o 1º, 2º e 3º colocado. Os dois times com as piores campanhas na primeira fase (classificatória) serão rebaixadas para a 2ª Divisão do Campeonato Baiano de 2013. Sobem, para a 1ª Divisão de 2013, o Campeão e o Vice da 2ª Divisão deste ano.