Primeira Fase -   Oitavas de Final   -   Quartas de Final   -    Semi Final    -     Final    -   Regulamento  

1ª Fase ( Fase de Grupos ): os 40 clubes foram divididos em dez grupos regionais de quatro times cada, que duelam em turno e returno. Os dois líderes de cada chave avançam à etapa seguinte.

Oitavas de Final: as 16 equipes classificadas disputam um mata-mata de ida e volta, e os vencedores seguem na competição. 

Quartas de Final: os oito restantes lutam por quatro vagas em jogos de quartas de final, em sistema de ida e volta. Os quatro classificados estarão automaticamente promovidos à Série C em 2013.

Semi Final: as semifinais serão decididas na sequência do torneio, ainda em embates de ida e volta. Os dois vencedores seguem na luta pelo título.

Final: os dois finalistas decidem, em dois jogos, o campeão da Série D de 2012.