Primeira Fase - Oitavas de Final - Quartas de Final - Semi Final - Final - Regulamento
| PTS | JGS | VIT | EMP | DER | GP | GC | SG | ||
| 1º | Samp |
38 | 16 | 11 | 05 | 00 | 37 | 08 | 29 |
| 2º | CR AC-GO |
26 | 16 | 07 | 05 | 04 | 24 | 18 | 06 |
| 3º | Baraún as-RN |
26 | 14 | 07 | 05 | 02 | 19 | 10 | 09 |
| 4º | Mogi M irim-SP |
20 | 14 | 05 | 05 | 04 | 16 | 15 | 01 |
| 5º | Cian orte-PR |
24 | 12 | 07 | 03 | 02 | 21 | 10 | 11 |
| 6º | Friburg uense-RJ |
23 | 12 | 06 | 05 | 01 | 18 | 08 | 10 |
| 7º |  Campinense-PB |
19 | 12 | 05 | 04 | 03 | 14 | 12 | 02 |
| 8º | Mixto- MT |
17 | 12 | 04 | 05 | 03 | 17 | 12 | 05 |
| 9º | CSA- AL |
21 | 10 | 06 | 03 | 01 | 16 | 05 | 11 |
| 10º | Remo -PA |
19 | 10 | 06 | 01 | 03 | 22 | 19 | 03 |
| 11º | Met ropolitano-SC |
17 | 10 | 05 | 02 | 03 | 10 | 09 | 01 |
| 12º | Vilhena-RO |
16 | 10 | 05 | 01 | 04 | 20 | 16 | 04 |
| 13º | Nacional d e Muriaé-MG |
16 | 10 | 04 | 04 | 02 | 09 | 07 | 02 |
| 14º | Juventud e-RS |
15 | 10 | 04 | 03 | 03 | 10 | 08 | 02 |
| 15º |  Ceilândia-DF |
15 | 10 | 04 | 03 | 03 | 15 | 16 | -1 |
| 16º | Sousa -PB |
13 | 10 | 03 | 04 | 03 | 07 | 08 | -1 |
| 17º | CEN E-MS |
13 | 08 | 04 | 01 | 03 | 17 | 11 | 06 |
| 18º | Atlétic o Acreano-AC |
13 | 08 | 04 | 01 | 03 | 19 | 15 | 04 |
| 19º | Horizo nte-CE |
13 | 08 | 03 | 04 | 01 | 09 | 05 | 04 |
| 20º | Cerâmica -RS |
11 | 08 | 03 | 02 | 03 | 10 | 07 | 03 |
| 21º | Feirens e-BA |
11 | 08 | 03 | 02 | 03 | 09 | 12 | -3 |
| 22º | Apareci dense-GO |
10 | 08 | 03 | 01 | 04 | 11 | 15 | -4 |
| 23º |  Arapongas EC-PR |
10 | 08 | 02 | 04 | 02 | 06 | 06 | 00 |
| 24º | Peña rol-AM |
09 | 08 | 03 | 00 | 05 | 16 | 16 | 00 |
| 25º | Brasil de P elotas-RS |
09 | 08 | 02 | 03 | 03 | 06 | 07 | 01 |
| 26º | Aracr+CAMPEAO.gif) uz-ES |
09 | 08 | 02 | 03 | 03 | 05 | 07 | -2 |
| 27º | Volta  Redonda-RJ |
08 | 08 | 02 | 02 | 04 | 05 | 06 | -1 |
| 28º | Ypiranga -PE |
08 | 08 | 02 | 02 | 04 | 13 | 15 | -2 |
| 29º | Mir assol-SP |
07 | 08 | 01 | 04 | 03 | 08 | 11 | -3 |
| 30º | Maríli a-SP |
07 | 08 | 01 | 04 | 03 | 07 | 15 | -8 |
| 31º |  Náutico-RR |
06 | 08 | 02 | 00 | 06 | 09 | 24 | -15 |
| 32º | It abaiana-SE |
06 | 08 | 01 | 03 | 04 | 05 | 10 | -5 |
| 33º | Guaran i-MG |
06 | 08 | 01 | 03 | 04 | 03 | 11 | -8 |
| 34º | Co mercial-PI* |
05 | 08 | 02 | 02 | 04 | 06 | 13 | -7 |
| 35º | Vitó ria da Conquista-BA |
04 | 08 | 01 | 01 | 06 | 07 | 13 | -6 |
| 36º |  Santos-AP* |
04 | 08 | 01 | 04 | 03 | 09 | 16 | -7 |
| 37º | Concór dia-SC |
04 | 08 | 01 | 01 | 06 | 07 | 15 | -8 |
| 38º |  Sobradinho-DF |
03 | 08 | 00 | 03 | 05 | 08 | 16 | -8 |
| 39º | Petrolina -PE |
03 | 08 | 00 | 03 | 05 | 09 | 19 | -10 |
| 40º |  Araguaína-TO |
03 | 08 | 00 | 03 | 05 | 04 | 17 | -13 |
Promovido para a Série C de 2013
* O Comercial-PI e o Santos-AP foram punidos com a perda de 3 pontos por escalar um jogador de forma irregular