O regulamento deste ano prevê quatro fases do campeonato. Na primeira, serão 2o clubes divididos em dois grupos: 10 clubes integraram o Grupo A e 10 irão integrar o Grupo B. Os quatro melhores posicionados de cada grupo serão classificados para as quartas de final da competição.

Nas quartas de final, o primeiro colocado do Grupo A enfrentará o quarto colocado do Grupo B e vice-versa, em jogos de ida e volta. Quem passar desta fase se classificará para as semifinais e garantirá o acesso à Série B do Brasileirão de 2014. Na fase seguinte, duas equipes disputarão em jogos de ida e volta o cobiçado título da Série C do Campeonato Brasileiro.

Estarão rebaixados para a Série D os três piores colocados do Grupo A e os dois piores colocados do Grupo B.