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Classificação 25ª Rodada - Tabela Completa
| Clube | PG | JG | VI | EM | DE | GP | GC | SG | |
| 1º | Vitória-BA | 54 | 25 | 16 | 06 | 03 | 44 | 25 | 19 |
| 2º | Criciúma-SC | 49 | 25 | 15 | 04 | 06 | 52 | 41 | 11 |
| 3º | Goiás-GO | 49 | 25 | 14 | 07 | 04 | 41 | 25 | 16 |
| 4º | São Caetano-SP | 46 | 25 | 13 | 07 | 05 | 37 | 24 | 13 |
| 5º | Atlético Paranaense-PR | 43 | 25 | 13 | 04 | 08 | 40 | 24 | 16 |
| 6º | Joinville-SC | 41 | 25 | 12 | 05 | 08 | 37 | 25 | 12 |
| 7º | Ceará-CE | 41 | 25 | 11 | 08 | 06 | 41 | 34 | 07 |
| 8º | América-MG | 40 | 25 | 12 | 04 | 09 | 39 | 33 | 06 |
| 9º | Avaí-SC | 37 | 25 | 11 | 04 | 10 | 29 | 28 | 01 |
| 10º | América-RN | 36 | 25 | 10 | 06 | 09 | 38 | 34 | 04 |
| 11º | Guarani-SP | 35 | 25 | 09 | 08 | 08 | 27 | 23 | 04 |
| 12º | Paraná-PR | 32 | 25 | 08 | 08 | 09 | 31 | 31 | 00 |
| 13º | Boa Esporte-MG | 31 | 25 | 08 | 07 | 10 | 36 | 37 | -1 |
| 14º | ASA-AL | 30 | 25 | 09 | 03 | 13 | 33 | 34 | -1 |
| 15º | ABC-RN | 29 | 25 | 07 | 08 | 10 | 33 | 33 | 00 |
| 16º | CRB-AL | 28 | 25 | 08 | 04 | 13 | 28 | 44 | -16 |
| 17º | Guaratinguetá-SP | 25 | 25 | 07 | 04 | 14 | 27 | 42 | -16 |
| 18º | Bragantino-SP | 18 | 25 | 04 | 06 | 15 | 23 | 41 | -18 |
| 19º | Ipatinga-MG | 16 | 25 | 04 | 04 | 17 | 21 | 51 | -30 |
| 20º | Grêmio Barueri-SP | 14 | 25 | 03 | 05 | 17 | 18 | 48 | -30 |
Classificado para a Primeira Divisão
Zona Neutra
Rebaixados para a Terceira Divisão
25 ª Rodada
14/09/2012 - 19:30 - Criciúma-SC 2x1 ASA-AL
14/09/2012 - 19:30 - Paraná-PR 1x1 Grêmio Barueri-SP
14/09/2012 - 21:00 - Guaratinguetá-SP 2x0 Bragantino-SP
14/09/2012 - 21:00 - América-RN 0x2 São Caetano-SP
14/09/2012 - 21:50 - América-MG 1x0 Avaí-SC
15/09/2012 - 16:00 - CRB-AL 3x3 ABC-RN
15/09/2012 - 16:00 - Guarani-SP 0x0 Vitória-BA
15/09/2012 - 16:00 - Ceará-CE 4x3 Joinville-SC
15/09/2012 - 16:00 - Goiás-GO 3x2 Atlético-PR
15/09/2012 - 21:00 - Boa Esporte-MG 2x1 Ipatinga-MG